Originaire de la Mayenne, Emmanuel Pottier a débuté l’orgue avec Pierre Lucet, élève d’André Marchal. Après ses études musicales au Conservatoire à Rayonnement Régional de Saint-Maur-des-Fossés dans la classe d’orgue d’Eric Lebrun, Emmanuel Pottier devient en 2001 titulaire de l’orgue de l’église de l’Immaculée-Conception à Paris, tout en étant co-titulaire de l’orgue de la chapelle Notre-Dame-de-la-Médaille-Miraculeuse à Paris.

Emmanuel Pottier a aussi exercé la fonction de secrétaire de la paroisse Sainte-Claire-d’Assise à Paris.

Il quitte Paris en 2018 et rejoint l’Académie de Musique et d’Arts Sacrés : il est chargé du secrétariat, de l’accueil, de la musique liturgique et de la communication du sanctuaire de Sainte-Anne-d’Auray.

Il est co-titulaire de l’orgue de la basilique de Sainte-Anne-d’Auray et organiste à Auray.