Origine des collections 
Héritières de l’histoire du lieu, les premières œuvres sont arrivées au XVIIe siècle en même temps que les premiers hommes et femmes venus prier sainte Anne. 1625 marque le début des pèlerinages mais également des dons d’ex-voto, c’est-à-dire d’objets offerts à la sainte pour solliciter son aide ou la remercier d’une grâce obtenue. Ces cadeaux de souverains ou de plus humbles personnes constituent le cœur des collections qui continuent de s’enrichir année après année. Cette pratique votive se perpétue encore aujourd’hui puisqu’une quarantaine d’ex-voto sont déposés tous les ans par des pèlerins.
La richesse et la diversité des collections sont également dues au travail du chanoine Cadic, chapelain de Sainte-Anne de 1882 à 1936. Il a entrepris une grande campagne de sauvegarde du patrimoine local et a constitué un fonds exceptionnel de statues, tableaux, faïences, etc. La construction du Mémorial après la Première Guerre mondiale, les dons de poupées ainsi que ceux de costumes traditionnels bretons contribuent également à créer des collections très diversifiées.

Travaux menés sur les collections
Afin de conserver et présenter ces œuvres, le pôle Patrimoine de l’Académie mène depuis 2010 un important chantier de sauvetage, d’étude et de restauration des collections de Sainte-Anne.

> A ce jour, toutes les statues sont inventoriées, identifiées et conservées dans une réserve saine, sécurisée et contrôlée. Les costumes traditionnels bretons et les poupées ont tous été traités et reconditionnés. Certaines œuvres ont également été restaurées par des professionnels et d’autres préservées grâce à des bulles d’anoxie*, opération qui se poursuit d’ailleurs jusqu’en 2017.
* Ce traitement permet de priver d’oxygène les insectes qui s’attaquent aux œuvres.

> Depuis 2013, le travail d’inventaire des collections constitue le cœur de l’activité du pôle Patrimoine. En effet, si l’extrême richesse des collections n’est plus à démontrer, il reste encore beaucoup à faire.

Valorisation des collections
Afin d’être présentées au public, les collections sont régulièrement valorisées : 
> au sein des espaces d’exposition de Sainte-Anne d’Auray
Breizh ha feiz, vie et foi des Bretons en pays vannetais
Costumes traditionnels, scènes reconstituées et objets usuels d’art populaire breton sont présentés et évoquent les aspects du sacré dans le quotidien des populations autour de 1900.

• La salle du Trésor

Où sont exposés des ex-voto des pèlerins, objets offerts en remerciements à sainte Anne, des plus précieux aux plus modestes.

• La galerie supérieure du cloître : Sainte-Anne-d’Auray, histoire d’un sanctuaire en pays breton

Où des objets des collections de Sainte-Anne-d’Auray sont présentés au public lors d’expositions temporaires.

> à l’extérieur, dans le cadre de prêts pour des expositions à d’autres institutions

• En 2016 :  Château de Kerjean à Saint-Vougay pour l’exposition Il était une foi (26 mars – 2 novembre)